זרועו של מחפר כוללת בעיקר את הבום והדיפר, הממלאים תפקיד מרכזי במחפר. הבום, הידוע גם בשם הבום או הז'יב, הוא זרוע ארוכה יותר המחוברת למסגרת, האחראית בעיקר על תמיכה והנעה של שאר חלקי המחפר. הדיפר, המכונה גם האמה או הזרוע השנייה, היא זרוע קצרה יותר המחוברת לדלי, המשמשת בעיקר לשליטה בפעולות החפירה והטעינה של הדלי.
בנוסף, ניתן לצייד מחפרים גם בסוגים שונים של זרועות, כגון זרועות מורחבות, זרועות סלע וכו', כדי לענות על הצרכים של סביבות עבודה שונות. זרועות מורחבות מתאימות לסביבות עבודה במקומות סגורים, בעוד שזרועות סלע מתאימות למשימות הדורשות חפירה בעצימות גבוהה. סוגים שונים של זרועות אלו נבדלים גם בעיצוב ובחומר. לדוגמה, זרוע הסלע עשויה מחומר פלדת מנגן בעל חוזק גבוה וממולאת בתערובת של חול ברזל ומלט להגברת המשקל והעמידות.